Vijeće/Savjet Evrope je odlučilo da otvori Ured Sekretarijata Vijeća Evrope u Bosni i Hercegovini u aprilu 1996 godine u Sarajevu, na osnovu Aneksa 6 (Sporazum o ljudskim pravima) Opšteg okvirnog mirovnog sporazuma za Bosnu i Hercegovinu, potpisanog u Parizu 14 decembra 1995, po kojemu je trebalo da doprinese osnivanju Komisije za ljudska prava Bosne i Hercegovine, pomogne instituciju Ombudsmana za ljudska prava, te imenuje inostrane sudije shodno Aneksima 4 i 7 Dejtonskog sporazuma.

Inicijalno zadatak Ureda je bio da, pored aktivne pomoći u primjeni Aneksa 6. Opšteg sporazuma zajedno sa drugim međunarodnim organizacijama, pomogne pripremi Bosne i Hercegovine da postigne standarde za prijem u punopravno članstvo Vijeća Evrope s obzirom na zahtjev koji je Bosna i Hercegovina podnijela u aprilu 1995, te da promovira vrijednosti Vijeća/Savjeta Evrope.

Razmjenom pisama između generalnog sekretara Vijeća Evrope i ministra vanjskih poslova Bosne i Hercegovine sačinjen je sporazum o statusu ureda Sekretarijata Vijeća Evrope u Sarajevu, te o statusu zvaničnika i eksperata Vijeća Evrope.

Vremenom aktivnosti Ureda su se širile tako da danas pored inicijalnih aktivnosti koje su ispunjene, one pokrivaju manje-više skoro sve oblasti na kojima radi Vijeće Evrope.