L'une des missions de la CEPEJ consiste à prévenir les recours devant la Cour Européenne des Droits de l'Homme fondés sur des dysfonctionnements des systèmes judiciaires (Article 6 de la Convention européenne des Droits de l'Homme), en contribuant à améliorer le fonctionnement de la justice dans les Etats européens. Dans ce contexte, la Cour Européenne des Droits de l'Homme s'est appuyée, dans plusieurs arrêts, sur les travaux de la CEPEJ visant en particulier à prévenir les violations du délai raisonnable des procédures judiciaires.