Deux organismes principaux sont impliqués dans le cycle de certification : 

• L'Accord partiel élargi sur les Itinéraires culturels du Conseil de l'Europe (APE) est soutenu par les États membres, principalement représentés par les ministères de la Culture, du Tourisme et des Affaires étrangères. L'APE est responsable de la décision finale concernant le renouvellement et l'attribution de la certification "Itinéraires culturels du Conseil de l'Europe".  

• L'Institut Européen des Itinéraires culturels (IEIC) est l'agence technique du programme des Itinéraires culturels du Conseil de l'Europe. Il a été créé dans le cadre d'un accord politique entre le Conseil de l'Europe et le Grand-Duché de Luxembourg. L'IEIC soutient l'APE dans la coordination et la gestion des cycles de certification.