Le Comité européen pour la prévention de la torture (CPT) visite des lieux de détention afin d'évaluer la manière dont les personnes privées de liberté sont traitées. Ces lieux incluent les prisons, centres de détention pour mineurs, postes de police, centres de rétention pour étrangers, hôpitaux psychiatriques, etc. 

Le respect de la Convention de sauvegarde des Droits de l'Homme et des libertés fondamentales et, en particulier, des arrêts de la Cour européenne des droits de l'Homme (CEDH), est un élément crucial du système mis en place par le Conseil de l'Europe pour la protection des droits humains, la prééminence du droit et de la démocratie et ainsi pour la stabilité démocratique et l'unification européenne. 

La Charte sociale européenne, qui garantit les droits sociaux et économiques de l'homme, est le complément naturel de la Convention européenne des droits de l'homme. Adoptée en 1961, la Charte a été révisée en 1996. Le respect des engagements énoncés dans la charte est soumis au contrôle du Comité européen des Droits sociaux. 

La Convention MEDICRIME du Conseil de l'Europe est le premier instrument international contraignant dans le domaine du droit pénal relatif à la contrefaçon de produits médicaux et aux infractions similaires impliquant des menaces pour la santé publique.

La sauvegarde de la santé publique par des mesures pénales contre les comportements criminels, la protection des victimes, la promotion de la coopération aux niveaux national et international et les mesures préventives sont les objectifs primordiaux de la Convention.

Le trafic d'organes humains est un problème d'ampleur mondiale qui viole les libertés fondamentales, les droits humains et la dignité humaine et constitue une menace directe pour la santé publique, l'intégrité, la liberté et souvent la vie des individus. Il est également souvent lié aux activités de groupes criminels organisés transnationaux, qui profitent de la situation vulnérable du donneur. Le trafic d'organes humains est un problème international qui exige une réponse des gouvernements, des institutions législatives et des organisations internationales.

L'approche du Conseil de l'Europe pour relever ce défi consiste en deux éléments interdépendants, à savoir :

• les normes communes de la Convention du Conseil de l'Europe contre le trafic d'organes humains (ouverte à la signature à Saint-Jacques-de-Compostelle, en Espagne, en mars 2015) en tant que traité international de justice pénale le plus pertinent pour lutter contre ce crime.
• le Comité des Parties (CdP) composé de représentants des Parties à la Convention de Saint-Jacques-de-Compostelle et chargé d'évaluer la bonne mise en œuvre de la Convention, de préparer des notes d'orientation et de faciliter la coopération entre les Parties.

La Convention du Conseil de l'Europe sur l'Accès aux documents publics (STCE n° 205) également connue sous le nom de Convention de Tromsø, est le premier instrument juridique international contraignant qui reconnaît un droit général d'accès aux documents publics détenus par les autorités publiques et constitue une étape importante pour la promotion de la gouvernance démocratique, l'ouverture, la démocratie participative et l'exercice d'autres droits humains et libertés fondamentales.

Le Groupe d'Etats contre la corruption (GRECO) a pour objectif d'améliorer la capacité de ses membres à lutter contre la corruption en s'assurant, par le biais d'un processus dynamique d'évaluation et de pression mutuelles par les pairs, qu'ils respectent bien les normes du Conseil de l'Europe en matière de lutte contre la corruption.

Le Comité d'experts sur l'évaluation des mesures de lutte contre le blanchiment des capitaux et le financement du terrorisme (MONEYVAL) examine l'efficacité des mesures nationales contre le blanchiment des capitaux et le financement du terrorisme dans les Etats membres du Conseil de l'Europe n'appartenant pas au Groupe d'Action Financière (GAFI).

La Conférence des Parties établie par la Convention du Conseil de l'Europe relative au blanchiment, au dépistage, à la saisie et à la confiscation des produits du crime et au financment du terrorisme (STC No. 198) est chargée du monitoring de la mise en oeuvre de la Convention par les Parties. Par ailleurs, si une Partie le demande la CdP formule une opinion sur toute question relative à l'interprétation et la mise en oeuvre de la Convention.