Niene Oepkes est titulaire d'un master en sciences cognitives et en intelligence artificielle. Elle a commencé à travailler au Conseil des réfugiés d'Utrecht en 1991, où elle a créé un centre de soutien social et juridique pour les mineurs non accompagnés qui venaient d'avoir 18 ans.
En 2008, elle a rejoint la municipalité d'Utrecht en tant que conseillère politique sur la discrimination, l'asile, la migration et l'intégration. En 2016, elle a développé l'approche Plan Einstein, en lien avec les demandes et la culture des quartiers.
Elle est membre du groupe de pilotage C-MISE sur les sans-papiers en Europe et a été pendant de nombreuses années membre des groupes de travail « Migration & Intégration » et « Integrating Cities » du réseau Eurocities.