L'Université Africaine a été développée en tant que suivi du 1er Sommet de la Jeunesse Afrique-Europe (Lisbonne, 2007) dans le but de promouvoir la contribution des jeunes à la mise en œuvre du Partenariat Stratégique UE-Afrique. Depuis l’élaboration du Plan d’Action 2012-2015 et le lancement de l’AEYP en 2011, l’Université a été définie comme une initiative annuelle et permanente, et sa consolidation est devenue une priorité de la coopération.

L'Université Africaine sur la Jeunesse et le Développement visait à créer un espace de débat et de réflexion, à encourager l’action affirmative des jeunes et la promotion des politiques jeunesse, ainsi qu’à offrir des formations et une éducation non formelle. Elle favorisait également le dialogue interculturel et interrégional dans le cadre de la coopération jeunesse euro-africaine et du suivi des Sommets de la Jeunesse Afrique-Europe.

La première édition de l'Université Africaine s’est inspirée de l'Université de la Jeunesse et du Développement en Espagne (depuis 2000) et de l'Université de la Participation et de la Citoyenneté en Amérique Latine (depuis 2004). Par la suite, toutes ces universités – avec l’Université Méditerranéenne (depuis 2011) – ont constitué le Réseau des Universités sur la Jeunesse et la Citoyenneté Globale, établi en 2011.

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