Az Európa Tanács 1949-ben, a II. világháborút követően alakult meg, amikor a tíz alapító ország elkötelezte magát a plurális demokrácia, az emberi jogok és a jogállamiság tiszteletben tartása mellett. A ma már 47 tagállamot számláló, strasbourgi székhelyű szervezet napjainkban a földrész vezető emberi jogi intézménye. Elkötelezett támogatója a szólásszabadságnak és a média szabadságának, a gyülekezési szabadságnak, az egyenlőségnek és a kisebbségek védelmének.

Magyarország 1990-ben, az egykori keleti blokk országai közül elsőként nyert felvételt az Európa Tanács tagja közé. Ez az esemény történelmi jelentőséggel bírt az ország számára, hiszen visszafordíthatatlanul megkezdődött a demokratizálódás, valamint a külpolitikai orientációváltás folyamata.

A csatlakozás óta Magyarország aktívan vesz részt a szervezet célkitűzéseinek megvalósításában, különös tekintettel a nemzeti kisebbségjogok védelmét célzó intézkedésekre. Meghatározó szerepet játszott abban, hogy a 90-es években olyan regionális jogi dokumentumok kerültek elfogadásra, mint a Regionális vagy Kisebbségi Nyelvek Európai Chartája (1992), vagy a Nemzeti Kisebbségek Védelméről szóló keretegyezmény (1995).

A vasfüggöny leomlását követően szükségszerűvé vált, hogy az Európa Tanács újra értelmezze saját, régióban betöltött szerepét. Az ifjúsági terület esetében a legfőbb cél a kelet- és közép-európai országok fiataljainak a szektor programjaiba való beintegrálása lett. 1990-ben merült fel a gondolat, hogy az akkor már évek óta sikeresen működő Strasbourgi Európai Ifjúsági Központ mellett szükség van egy második Európai Ifjúsági Központ létrehozására is, mégpedig a régió országainak valamelyikében. 1993-ban a Miniszteri Bizottság elfogadta a magyar kormány leendő központ befogadására tett ajánlatát, amely kiemelt jelentőséggel bírt nemcsak Magyarország, hanem az egész régió számára.  Az Európa Tanács ezzel a „szimbolikus politikai döntéssel” bizalmat szavazott az átmenetben lévő közép- és kelet-európai társadalmaknak, Magyarország pedig lehetőséget kapott arra, hogy a Központ segítségével kiemelt találkozási pont legyen a keleti és nyugati országokból érkező fiatalok számára.

A Központ hivatalos átadására 1995. december 15-én került sor, működésének feltételeit a még ugyanebben az évben aláírt székhely-egyezmény rögzíti. Az átadást követő első esztendőben a BEIK mintegy 60 rendezvénynek adott otthont. Az akkori program még szinte kizárólag az Ifjúsági Igazgatóság éves programtervében meghatározott szemináriumokból és képzésekből állt. Érdemes megjegyezni, hogy Magyarországon ebben az időben nyitott vízumrendszer volt, amely lehetővé tette, hogy sok olyan fiatal is részt vegyen a programokon, akik nemzetiségüknél, menekült vagy menedékes státuszuknál fogva, vagy amiatt, hogy hazájuk háborúban állt, egyébként kirekesztődtek volna a nemzetközi programokból.

A kezdeti időszak egyik leglényegesebb momentumának tekinthető az Európa Tanács 50. évfordulójára való felkészülés, amelyet Budapesten egy Európa – Fiatalok – Emberi Jogok elnevezésű egyhónapos rendezvénysorozattal ünnepeltek meg 1999 májusában. A rendezvénysorozat részeként nagyon változatos kulturális programokra került sor, amelyek közt jazz és világzenei produkciók, utcaszínház és utcai animáció, nemzetek konyhája, civil börze, a BEIK Nyílt Napja és az Emberi Jogi Hét szerepeltek.

Az akcióhónap egy, az Európa Tanács ifjúsági szektorát illető, jelentős fejlesztést is magáénak tudhat: a 2000-es évben az Ifjúsági Igazgatóság programja egy prioritások által meghatározott programmá alakult és elindult az Emberi Jogi Képzés Ifjúsági Program, amely a BEIK éves programjának alappillére lesz. Ettől kezdve a BEIK által támogatott Emberi Jogi Képzés Ifjúsági Program számos további dimenziót is felvállalt, például helyi emberi jogi képzési programok finanszírozását, differenciált képzési programot az emberi jogi képzés területén dolgozó képzők és pedagógusok számára, valamint az emberi jogi képzésekhez segédanyagul szolgáló Kompasz című emberi jogi nevelési kézikönyv kidolgozását. A program keretében zajló emberi jogi nevelés optimális pedagógiai megközelítést és tartalmat kínál ahhoz, hogy a résztvevők megértsék, hogy az emberi jogok az egész emberiség közös kincsét képezik.

A BEIK elkötelezett az Európa Tanács alapvető értékeinek védelme és hirdetése mellett, vezető szerepet tölt be abban, hogy az emberi jogi nevelés fontos szerepet kapjon az ifjúságpolitikában és az ifjúsági munka gyakorlatában szerte Európában, így Magyarországon is. Aktívan lép fel az olyan, sajnálatos módon napjainkban is aktuális problémák ellen, mint a gyűlöletbeszéd, az antiszemitizmus vagy az iszlamofóbia, a homofóbia, vagy kisebbségellenesség, továbbá elősegíti a különböző nemzetek közötti párbeszédet, együttműködést és támogatja az Európa országaiban élő nemzeti kisebbségek törekvéseit nyelvük valamint kulturális és regionális autonómiájuk megőrzésére.

2003 óta évente kerül megrendezésre az Ifjúsági béketábor, amely lehetővé teszi a konfliktus sújtotta régiók fiataljai és ifjúsági szervezetei számára, hogy emberi jogi oktatáson és kultúrák közötti tanuláson alapuló párbeszédbe és konfliktusátalakítási tevékenységbe kezdjenek. Az Élő Könyvtár elnevezésű projekt az emberek közötti megértést, empátiát, szolidaritást hivatott megerősíteni.

2011-ben elindult a projekt kifejezetten iskolai környezetre kialakított változata, amely azóta Magyarország egyik legsikeresebb nem-formális oktatási kezdeményezésévé nőtte ki magát. A Fiatalok az online gyűlöletbeszéd ellen elnevezésű projekt az egyenlőség, a méltóság, az emberi jogok és a sokszínűség mellett foglal állást és azzal a céllal indult 2012-ben, hogy az online formában előforduló diszkriminációt, rasszizmust és gyűlöletbeszédet visszaszorítsa. A projekt és az ahhoz kapcsolódó kampány mára már európai szintű, sőt Európa határain is túlnyúló mozgalommá vált. 2015-ben a BEIK-ben került megrendezésre a második Roma Ifjúsági Konferencia, amely legfőbb célja a cigányellenesség leküzdése, a Roma ifjúság identitásának erősítése, a többszörös megkülönböztetés kezelése, valamint a Roma ifjúsági szervezetek fejlesztése a politika alakításában való részvételük előmozdítása érdekében.

A magyar kormánnyal, valamint a magyar ifjúsági szektorral való együttműködés a kezdetektől fogva kiemelt jelentőséggel bír a Központ számára. A Központban zajló nemzetközi munka és a magyarországi helyi és nemzeti szintű ifjúsági élet összekapcsolásának egyik legfontosabb mozzanata a Mobilitás Információs Szolgálat (MISZ) felállítása volt a BEIK épületében. A 2000. március 1-jén megnyílt MISZ az Európai Unió által támogatott Eurodesk ifjúsági információs rendszer, a magyar Ifjúsági és Sportminisztérium és az Európa Tanács közötti hármas együttműködés eredményeként jött létre. A kezdeményezés jelentősége többek között abban rejlett, hogy az információs szolgálat a hazai intézmények, az Európai Unió és az Európa Tanács fiataloknak szóló szolgáltatásait egy helyszínen tette hozzáférhetővé. A Mobilitás Információs Szolgálat létrehozása bebizonyította, hogy a BEIK programjai mindig nyitva állnak a magyarországi ifjúsági szakemberek és a civil szervezetek számára. A Mobilitással való aktív együttműködés egészen 2013-ig tartott, amikor is a MISZ feladatkörei a Tempus Közalapítványhoz kerültek át.

A MISZ távozásával megüresedett helyiséget a BEIK az újonnan megalakult Nemzeti Ifjúsági Tanács (NIT) rendelkezésére bocsátotta 2014-ben. A NIT az ifjúság számára létrehozott olyan fórum, amely a fiatalok és ifjúsági szervezetek között, valamint a hazai és nemzetközi szereplőkkel, döntéshozókkal és szervezetekkel való hatékony párbeszéd megteremtését tűzte ki céljául. A magyarországi ifjúsági szervezetek ernyőszervezeteként egyik legfontosabb feladata az ifjúság és az ifjúsági szervezetek érdekképviseletének legmagasabb szintű ellátása, az ifjúságpolitika formálása és alakítása, valamint a mindenkori kormány megszólítása az ifjúság erős és egységes hangjaként. A NIT és a BEIK közti együttműködés azóta is zavartalanul folyik, és nagymértékben hozzájárult ahhoz, hogy a magyar fiatalok aktív szereplői legyenek az európai és világszinten zajló ifjúságpolitikának.

A fentiek tükrében egyértelműen látszik, hogy a BEIK fontos szerepet tölt be az Európa Tanács által képviselt értékek hazai és nemzetközi szinten való képviseletében és terjesztésében. Az elmúlt negyed évszázad során népszerű helyszínné vált a különféle háttérrel rendelkező fiatalok számára a politikai és társadalmi szempontból ellentmondásos kérdések megvitatására. Az európai és nemzetközi civil ifjúsági szervezetek biztonságos és semleges környezetnek tekintik gondolkodásmódjuk és politikájuk fejlesztéséhez.