L'initiative de créer cette institution a été prise par les chefs d'Etat et de gouvernement du Conseil de l'Europe lors de leur deuxième Sommet des 10 et 11 octobre 1997, à Strasbourg. Le 7 mai 1999, le Comité des Ministres a adopté une résolution qui institue la fonction de Commissaire et définit le mandat du Commissaire.
Le Commissaire est élu par l'Assemblée parlementaire du Conseil de l'Europe sur une liste de trois candidats établie par le Comité des Ministres et exerce un mandat non renouvelable de six ans.